Лаборатория проблем эволюционной морфологии
   Лаборатория морфологических адаптаций позвоночных
   Лаборатория экологии и функциональной морфологии высших позвоночных
   Лаборатория микроэволюции млекопитающих
   Лаборатория сенсорных систем позвоночных
   Лаборатория поведения низших позвоночных
   Лаборатория инновационных технологий
   Лаборатория экологии водных сообществ и инвазий
   Лаборатория экологии низших позвоночных
   Лаборатория морфологии и экологии морских беспозвоночных
   Лаборатория синэкологии
   Лаборатория биогеоценологии им. В.Н. Сукачева
   Лаборатория исторической экологии
   Лаборатория экологии аридных территорий
   Лаборатория изучения экологических функций почв
   Лаборатория почвенной зоологии и общей энтомологии
   Лаборатория поведения и поведенческой экологии млекопитающих
   Лаборатория сравнительной этологии и биокоммуникации
   Лаборатория популяционной экологии
   Лаборатория экологии и управления поведением птиц
   Лаборатория сохранения биоразнообразия и использования биоресурсов
   Лаборатория экологического мониторинга регионов АЭС и биоиндикации
   Лаборатория тропических технологий
   Лаборатория аналитической экотоксикологии
   Центр безопасности биосистем
   Научно-информационный центр кольцевания птиц
   Кабинет методов молекулярной диагностики
   Кабинет электронной микроскопии
   Кабинет биоинформатики и моделирования биологических процессов