Лаборатория проблем эволюционной морфологии
Лаборатория морфологических адаптаций позвоночных
Лаборатория экологии и функциональной морфологии высших позвоночных
Лаборатория микроэволюции млекопитающих
Лаборатория сенсорных систем позвоночных
Лаборатория поведения низших позвоночных
Лаборатория сравнительной нейробиологии позвоночных
Лаборатория экологии водных сообществ и инвазий
Лаборатория экологии низших позвоночных
Лаборатория морфологии и экологии морских беспозвоночных
Лаборатория синэкологии
Лаборатория биогеоценологии и исторической экологии им. В.Н. Сукачева
Лаборатория экологии аридных территорий
Лаборатория изучения экологических функций почв
Лаборатория почвенной зоологии и общей энтомологии
Лаборатория поведения и поведенческой экологии млекопитающих
Лаборатория сравнительногй этологии и биокоммуникации
Лаборатория популяционной экологии
Лаборатория экологии и управления поведением птиц
Научно-информационный центр кольцевания птиц
Лаборатория сохранения биоразнообразия и использования биоресурсов
Лаборатория экологического мониторинга регионов АЭС и биоиндикации
Кабинет методов молекулярной диагностики
Кабинет биоинформатики и моделирования биологических процессов