Лаборатория проблем эволюционной морфологии
Лаборатория морфологических адаптаций позвоночных
Лаборатория экологии и функциональной морфологии высших позвоночных
Лаборатория микроэволюции млекопитающих
Лаборатория сенсорных систем позвоночных
Лаборатория поведения низших позвоночных
Лаборатория инновационных технологий
Лаборатория экологии водных сообществ и инвазий
Лаборатория экологии низших позвоночных
Лаборатория морфологии и экологии морских беспозвоночных
Лаборатория синэкологии
Лаборатория биогеоценологии им. В.Н. Сукачева
Лаборатория исторической экологии
Лаборатория экологии аридных территорий
Лаборатория изучения экологических функций почв
Лаборатория почвенной зоологии и общей энтомологии
Лаборатория поведения и поведенческой экологии млекопитающих
Лаборатория сравнительной этологии и биокоммуникации
Лаборатория популяционной экологии
Лаборатория экологии и управления поведением птиц
Лаборатория сохранения биоразнообразия и использования биоресурсов
Лаборатория экологического мониторинга регионов АЭС и биоиндикации
Лаборатория тропических технологий
Лаборатория аналитической экотоксикологии
Центр безопасности биосистем
Научно-информационный центр кольцевания птиц
Кабинет методов молекулярной диагностики
Кабинет электронной микроскопии
Кабинет биоинформатики и моделирования биологических процессов